Edifiée au bord de la Loire à l’emplacement de l’actuelle place Saint-Louis, cette église est inaugurée en 1694.

Selon les voeux de l’intendant d’Orléans et de l’évêque d’Auxerre, ce nouvel édifice religieux a pour vocation de remplacer la vétuste église Saint-Pierre de Gien-le-Vieil et d’accueillir les protestants qui ont abjuré. Elle est d’ailleurs bâtie en grande partie avec des matériaux du temple protestant démoli en 1685 et financée notamment par les biens saisis des protestant émigrés.

Conçue par les architectes Antoine Thomain et de Nicolas Besnier, son style est typique des églises de la Contre-Réforme avec une façade à deux étages.

Au 18^ème siècle, les curés de Saint-Louis s’opposent à ceux de Saint-Laurent (église du château) sur la question Janséniste. La querelle se règle à coups d’insultes : le curé de Saint-Louis est accusé d’être favorable aux hérétiques, aux calvinistes et aux jansénistes.

Lors de la Révolution, l’église Saint-Louis est la seule préservée. Elle est alors consacrée aux réunions de la Société Populaire.

Mais elle subit des pillages et des profanations de sépultures. Elle est finalement fermée en 1794. Le Fiau, avocat à Nevers et représentant du peuple organise alors sur la place un bûcher où il fait brûler les tabernacles, les confessionnaux, les châsses et ornements ecclésiastiques de Saint-Louis.

L’église est ré-ouverte pour la Pâques 1795, elle sera redécorée en 1879-1880 par Pautre père et fils qui peignent une nouvelle apothéose de Saint-Louis sur la coupole. En 1881, la famille de Rancourt offre un vitrail représentant Saint Jeanne de France, duchesse du Berry, soeur cadette d’Anne de Beaujeu.

L’église subit les bombardements allemands et l’incendie du 15 juin 1940, elle est très endommagée puis complètement démolie.