En juin 1940, les églises de Gien sont détruites. Dans les années qui suivent, un inventaire et une évaluation des instruments sont réalisés par l’expert M. Lapresté.

Eglise Saint Pierre (aujourd’hui Sainte Jeanne d’Arc). Trois instruments existaient qui ont été détruits :

• Le grand orgue de tribune à transmission mécanique. Il avait été sinistré par la foudre en 1929 et restauré par Henri Firmin ; il était composé de 18 jeux sur 2 claviers de 54 et 42 notes et d’un clavier de pédales de 27 notes.
• L’orgue de chœur provenait de la manufacture d’orgues Debierre de Nantes. Il était de type « à tuyaux polyphones » avec 56 notes et une grande variété de timbres.
• L’harmonium de la crypte, de marque Alexandre, était un instrument puissant, selon l’expert.

L’église Saint Louis possédait un harmonium de modèle courant et de marque inconnue.

Il est décidé de rassembler les « dommages de guerre » pour reconstruire les orgues de l’église Sainte Jeanne d’Arc. Les premières orgues, construites par les établissements Roethinger de Strasbourg sont inaugurées, quelques années après celle de l’église, en 1957. Mais dès 1970, des dysfonctionnements apparaissent, visiblement liés à la transmission électrique.

Sur les conseils des organistes Gérard Bougeret et Michel Chausson (abbé), il est décidé de remplacer l’orgue Roethinger par un orgue fabriqué par la maison Koenig. Le Ministère de la Culture accepte, en 1983, de participer au financement du projet. Ces nouvelles orgues à 3 claviers et pédaliers ont été inaugurées en 1986. Positionnées au centre, elles restituent une très bonne acoustique et sont particulièrement adaptées à la musique baroque et contemporaine.